Nell'imminenza della Pentecoste del 1544 Filippo, ancora laico, visse una profonda esperienza mistica, che la tradizione situa nelle catacombe di San Sebastiano, dove spesso egli si recava a pregare in solitudine. Avendo ardentemente chiesto a Dio di "avere spirito", ricevette una straordinaria effusione di Spirito Santo che gli invase e dilatò il cuore. Una cappella, all'interno delle catacombe - le uniche allora visitabili - ricorda l'avvenimento.

In questa chiesa, antica sede parrocchiale, il 23 maggio 1551, Filippo Neri ricevette gli ordini minori, il suddiaconato e l'ordinazione sacerdotale, come ricorda anche una lapide collocata nei secoli successivi. Nella casa adiacente hanno sede, dal 1986, gli uffici della Procura Generale della Confederazione dell'Oratorio.

La chiesa, appartenente alla Confraternita della Carità, era officiata da sacerdoti secolari che abitavano nella adiacente casa. Qui Filippo fu accolto nel 1551 ed iniziò il suo ministero sacerdotale. Nella camera del Santo - ora trasformata in cappella - si tenevano  gli incontri spirituali che dettero origine all'Oratorio, fino al loro trasferimento, nel 1558, nell'adiacente "granaio" posto sulla navata della chiesa. S. Girolamo è la "culla" dell'Oratorio, e qui P. Filippo visse fino al 1583, quando, obbedendo ad insistenze autorevoli, si trasferì a S. Maria in Vallicella. Sono visitabili le stanze abitate da P. Filippo, ed il locale del primo Oratorio, testimoni degli inizi e ricche di storia e di spiritualità per la presenza di numerosi Santi che visitavano il Padre. Oggi il santuario filippino è amabilmente custodito dalle Suore di San Filippo Neri.

Nel 1564 Filippo Neri, per obbedienza al Papa, assume la cura parrocchiale della chiesa della comunità fiorentina di Roma, ma, restando a S. Girolamo, destina a questo servizio alcuni dei suoi primi discepoli, tra i quali Cesare Baronio, Giovanni Francesco Bordini e Alessandro Fedeli, ordinati sacerdoti. Qui dalla prima Comunità "filippina" nasce la Congregazione dell'Oratorio.

Il 16 marzo del 1583 San Filippo ottenne da Dio la risurrezione del giovane Paolo, figlio del principe Fabrizio Massimo, uno dei più fedeli discepoli del Santo. Il palazzo è aperto al pubblico il giorno anniversario del miracolo e fin dalle prime ore del mattino si susseguono celebrazioni liturgiche nella camera del giovane principe, oggi trasformata in cappella.

Nota ai romani come la "Chiesa Nuova", è la sede della Congregazione dell'Oratorio, riconosciuta canonicamente da Papa Gregorio XIII nel 1575. Voluta da P. Filippo grande e solenne, sorse sul luogo dell'antica chiesa di S. Maria in Vallicella, assegnata dal Papa ai Padri dell'Oratorio nell'atto stesso di erigere la Congregazione. Nella cappella alla sinistra dell'altare maggiore riposa il corpo di San Filippo mentre nelle ricostruite camere del Santo - le originali sono state distrutte da un incendio nel XVII secolo - sono custoditi molti oggetti e quadri appartenuti al Padre, e numerose sue reliquie.